История развития учреждения 20 октября 1981 года — открывается городская станция юных натуралистов и опытников сельского хозяйства. Она разместилась в одном учебном классе и теплице общеобразовательной школы № 49. Первые воспитанники занимались в кружках орнитологии, кактусоводства, цветоводства и овощеводства под руководством педагогов: А.П. Станковского, В.А. Агеевой, И.А. Груздевой и В.С.Филипповой. В 1987 создаётся коллекция птиц. В этом же году заложена коллекция растений – основа Детского ботанического сада. Закладываются первые тропические садовые культуры – лимоны, папайя, кофе и другие. В период с 1990 по 1996 годы проходило строительство зоологического комплекса, бассейна для водоплавающих птиц, пополняется коллекция животных Детского зоопарка. В 1996 году на базе станции открываются курсы повышения квалификации педагогов «Университет экологических знаний», которые проводятся совместно с кафедрой педагогики и проблем воспитания Институтом повышения квалификации работников образования. Станция становится общественно-активным учреждением. 15 марта 1997 года учреждение получает статус Ассоциированной Школы ЮНЕСКО. С  2002 года образован экспериментальный отдел «Малая экологическая академия», слушатели которой обучались в течение трех лет по вузовской системе на базе высших учебных заведений:  В 2003 году открылся новый корпус экологии. С 2005 года учреждение является региональным представителем всероссийских и международных конкурсов. В 2006 году введена в строй теплица для кактусов.  В 2006 году учреждению присвоен статус областная экспериментальная площадка. Реализуется проект «От экологического образования к образованию для устойчивого развития» при поддержке департамента образования Администрации города Омска. С 2007 года в учреждении появляется психологическая служба. С 2008 года появляются профильные кабинеты.